Slovensko reprezentoval v rokoch 2005 až 2013, za ten čas stihol odohrať 38 zápasov, v ktorých strelil 5 gólov. Zahral si aj na juhoafrických majstrovstvách sveta. Marek Sapara si dnes síce už užíva zaslúžený športový dôchodok, ale futbal sleduje veľmi detailne.