Hace 8 años de la caída de Citadel. La agencia mundial de espionaje independiente, encargada de velar por la seguridad de todos, fue destruida por agentes de Manticore, un poderoso sindicato que manipula el mundo desde las sombras. Tras la caída de Citadel, los agentes de élite Mason Kane (Richard Madden) y Nadia Sinh (Priyanka Chopra Jonas) intentan escapar con vida, pero pierden todos sus recuerdos. Desde entonces han permanecido ocultos, construyendo nuevas vidas con nuevas identidades, sin ser conscientes de su pasado. Hasta que una noche, Mason es localizado por su antiguo colega de Citadel, Bernard Orlick (Stanley Tucci), que necesita desesperadamente su ayuda para impedir que Manticore establezca un nuevo orden mundial.